Departamento de Informática (UM)

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Algoritmos para Análise de Sequências Biológicas

11639 [ME37ME3702004761]

Mestrado em Bioinformática - Tecnologias de Informação [MBINF]

S1

Rui Manuel Ribeiro Castro Mendes

Objetivos

Esta Unidade Curricular enquadra-se na área científica de Bioinformática, contribuindo para uma oferta formativa abrangente, com especialização nesta área do conhecimento. A UC pretende dotar os alunos das capacidades de perceber, utilizar e desenvolver algoritmos de processamento e análise de sequências biológicas, utilizando uma linguagem de programação para a sua implementação.

Programa

1. Algoritmos básicos de processamento de sequências biológicas.
2. Procura de padrões em sequências.
3. Alinhamentos de sequências (simples e múltiplos).
4. Procura de sequências similares em bases de dados.
5. Algoritmos para análise filogenética.
6. Descoberta de padrões (motivos) a partir de conjuntos de sequências.
7. Algoritmos para a descoberta de genes.
8. Implementação de scripts/ programas bioinformáticos usando a linguagem python e respetivas bibliotecas de acesso livre.

Bibliografia

N. C. Jones, P. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT Press, 2004.

H.J. Bockenhauer, D. Bongartz, Algorithmic Aspects of Bioinformatics, Springer, 2007.

S. Bassi, Python for Bioinformatics. Chapman & Hall. 2010.

P. Compeau, P. Pevzner. Bioinformatics algorithms: an active learning approach, vols. I and II. 2nd edition. 2015.

Resultados da aprendizagem

- Identificar e relacionar os principais problemas relacionados com a manipulação de sequências biológicas e sua relevância biológica.
- Conhecer os principais algoritmos ao nível do processamento de sequências biológicas.
- Desenvolver algoritmos para abordar problemas sugeridos de processamento e análise de sequências.
- Implementar algoritmos de processamento e análise de sequências biológicas usando uma linguagem de programação.
- Conhecer e utilizar bibliotecas de software livre disponível no desenvolvimento de programas de análise de sequências biológicas.

Método de avaliação

Os alunos serão avaliados por:
(i) testes escritos - a realizar durante o semestre;
(ii) avaliação contínua individual - resolução individual de questões e exercícios práticos a submeter em vários momentos ao longo do semestre.

Funcionamento

Turno: T 1; Docente: Rui Manuel Ribeiro Castro Mendes; Dep.: DI; Horas: 30.
Turno: PL 1; Docente: Francisco Supino Marcondes; Dep.: DI; Horas: 15.

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